Η ανώτερη διοίκηση του Συνεταιρισμού Φαρμακοποιών Χανίων αποτελείται από το Διοικητικό & το Εποπτικό Συμβούλιο. Τα μέλη των συμβουλίων εκλέγονται από το σύνολο των μελών του Συνεταιρισμού, και έχουν 4ετή θητεία.
Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) αποφασίζει για θέματα που αφορούν στην διοίκηση και τη στρατηγική, μέσα στα πλαίσια του νόμου, του καταστατικού και των αποφάσεων της Γενικής Συνέλευσης, δίνοντας τις αναγκαίες κατευθυντήριες οδηγίες.
